L’Assemblée Générale est composée de tous les adhérents de l’association. Elle se réunit au moins 1 fois par an. Elle peut parfois se réunir de manière exceptionnelle conformément aux dispositions des statuts.

L’Assemblée Générale a pour rôle de valider, une fois par an, les activités et les bilans financiers de l’Apei. Elle détermine les orientations budgétaires de l’association pour l’année suivante, élit le Conseil d’Administration et décide également des orientations politiques de l’association.

Le Conseil d’Administration est composé de 24 membres élus par l’Assemblée Générale pour un mandat de 3 ans, renouvelable par tiers.

Le Conseil d’Administration se réunit au moins 5 fois par an. Il a pour mission de prendre les décisions relatives aux orientations de l’Assemblée Générale. Il accomplit tous les actes nécessaires au bon fonctionnement de l’association.

Le Conseil d’Administration élit le président de l’Association et les membres du Bureau.

Le Bureau  a pour mission de suivre les projets, de préparer les réunions du Conseil d’Administration et est force de proposition. Il est composé de 10 membres.